El Centro nació en 1969 en el seno de la Universidad de Valladolid, con la sección de Físicas como especialidad. Tres años después, la Facultad de Ciencias fue el germen de la Universidad de Santander junto a la Escuela Técnica Superior de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos y la recién creada Facultad de Medicina. En 1977 se implantó la sección de Matemáticas, continuando así con la oferta académica a la que los alumnos pueden acceder desde entonces. Posteriormente, en 2005, se crearon los estudios de Ingeniería Informática.

En todo este tiempo la Facultad se ha ido haciendo con una plantilla altamente competente de profesorado; entre éstos se cuentan académicos, premios de investigación, miembros de comisiones de expertos científicos a nivel internacional y otros profesionales de reconocido prestigio.